五峰山下的千年古刹，与厦门大学相邻。始建于唐代，由于该寺以奉祀观音为主，又在我国佛教四大名山之——浙江普陀山之南，故称南普陀。

这里香火鼎盛，每年农历的2月19日、6月19日、9月19日观音诞的时候，寺内均会举行盛大活动，众多善男信女手持燃香叩头跪拜，祈求健康和财富。从寺后可以登上山顶，俯看厦门大学校景和厦门港风光。在寺内，游客有机会品尝著名的南普陀素菜。

位于南普陀寺一侧的闽南佛学院，创办于1925年，在海内外久负盛名，是宏扬佛法、培养佛家弟子的摇篮。目前，有很多学生在此就学。